Ιερή οργή έχει προκαλέσει η απουσία οποιασδήποτε δήλωσης καταδίκης από την πλευρά της κυβέρνησης και των καθ' ύλην αρμόδιων υπουργών της εισβολής αντιεξουσιαστών στη Μητρόπολη της Θεσσαλονίκης. Με μια προσεκτική στις διατυπώσεις, αλλά γεμάτη αιχμές ανακοίνωσή της, η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδας, επισημαινει ότι «έως τώρα» δεν υπάρχει οποιαδήποτε δήλωση καταδίκης της επίθεσης από τους καθ' ύλην αρμόδιους για τα ανθρώπινα δικαιώματα, την προστασία των πολιτών και τα θρησκεύματα υπουργούς.
Η Ιερά Σύνοδος, αφού ευχαριστεί όσα κοινοβουλευτικά κόμματα έσπευσαν να καταδικάσουν την εισβολή στον ιερό Ναό του Αγίου Γρηγορίου, επισημαίνει επιπλέον ότι υπάρχει «εύγλωττη σιωπή» από τις επιστημονικές και ακτιβιστικές ενώσεις και συμβούλια, «που έχουν ως αντικείμενο τις δημόσιες παρεμβάσεις και πολιτικές για τα ανθρώπινα δικαιώματα στη χώρα μας». Οπως τονίζεται, αυτή η εύγλωττη σιωπή, «δείχνει ότι μάλλον δεν σοκάρονται από τις βιαιοπραγίες, όταν στρέφονται κατά της ορθόδοξης χριστιανικής πλειοψηφίας. Οφείλουμε, τουλάχιστον, να τους αναγνωρίσουμε το προσόν της ειλικρίνειας».
Ομως, η Ιερά Σύνοδος αναφέρεται και στους αντιεξουσιαστές χαρακτηρίζοντάς τους ως την «αποτυχία μας ως κοινωνίας, ως σχολείου, ως οικογένειας, ως δημοκρατίας». Ειδικότερα, στην ανακοίνωση σημειώνεται: «Στους "αντιεξουσιαστές" που νόμισαν ότι βεβηλώνοντας την κυριακάτικη προσευχή έδωσαν χτύπημα στην εξουσία, δεν θα απευθύνουμε τις καταδικαστικές δηλώσεις που συνηθίζονται σε αυτές τις περιπτώσεις. Αφού ουδείς πέτυχε να τους εμπνεύσει σεβασμό για ο,τιδήποτε στη ζωή τους, μόνο τη λύπη μας διατυπώνουμε, λέγοντάς τους: Είστε η αποτυχία μας. Η αποτυχία μας ως κοινωνίας, ως σχολείου, ως οικογένειας, ως δημοκρατίας».